1861 m. per rytinę Lietuvos dalį iš Daugpilio per Vilnių į Gardiną buvo nutiestas Sankt Peterburgo - Varšuvos geležinkelis. Panerių ruože dėl kalvoto landšafto teko statyti gana įspūdingą statinį - 430 metrų ilgio požeminį tunelį.

Geležinkelio tunelio statyba Paneriuose. Įvažiavimas iš rytų pusės. A.Korzono fotografija, 1860 m. [1]

Geležinkelio tunelio statyba Paneriuose. Įvažiavimas iš rytų pusės. A.Korzono fotografija, 1860 m. [2]

Inžinieriaus namelis prie tunelio. A.Korzono fotografija, 1860-1863 m. [2]

Tunelio plotis (apie 8 metrus) leisdavo važiuoti iškarto dviems garvežiams.

Įvažiavimas į tunelį iš vakarų pusės. J.Czechowicz fotografija, apie 1873 m. [3]

Nuo 1897 m. Vilniaus gubernatoriaus nuosprendžiu (pagal Vilniaus karinės apygardos vado paaiškinimus) Vilniaus vaizdus galima fotografuoti tik ten, kur nėra geležinkelio, o miesto apylinkėse ten, kur geležinkelis yra toliau, kaip už dviejų varstų. Šitas apribojimas nuo šiol visą laiką būdavo įrašomas į išduodamus leidimus. [4]

Tunelis į Lentvarį netoli Vilniaus. Leidėjas Petras Vileišis, 1906 m. [5]

Panerių tunelis. [6]

Panerių tunelis prie Vilniaus stoties. 1912 m. [7]

Toliau šiek tiek oficialiai nepatvirtintos informacijos.

Karinė tunelio reikšmė ypač išryškėjo Antrojo Pasaulinio karo metais. Okupavusi Vilnių vokiečių kariuomenė sustiprintai saugojo tunelį. Tunelio kalnas buvo apjuostas keliais apkasų žiedais, sujungtais perėjimais.

1944 metais besitraukianti vokiečių kariuomenė, nenorėdama palikti priešui nei vieno daugiau ar mažiau svarbesnio objekto, susprogdino Vilniuje visus tiltus, elektrinę, norėta susprogdinti ir daugelį kitų objektų. Toks pat likimas laukė ir Panerių tunelio, nes tai buvo vieninteliai Gk "vartai" į vakarus.

Susprogdinti tunelį hitlerininkai nespėjo dėl didelių tarybinės kariuomenės puolimo tempų, o tunelis veikė ir po Antrojo Pasaulinio karo.

6-ame dešimtmetyje, gali būti, dėl tunelio senumo, o gal dėl jo pažeidžiamumo diversijoms arba aviacijos antskrydžiams, jį nustojo eksploatuoti. Gk bėgiai tunelyje buvo demontuoti, o nauji nutiesti aplik tunelio kalvą. Siekiant išvengti nelaimingų atsitikimų, tunelio praėjimą užblokavo iš rytų pusės, o neseniai buvo užblokuotas ir vakarinis įėjimas.

Šiandien tunelis tapo šikšnosparnių namais, todėl saugomas valstybės kaip zoologinis gamtos paveldo objektas.